オープンソース調べOSS　2022年03月13日

【ポエム】Nextflowと再現性 – OSS的な観点から

個人の意見に基づくポエムです。あらかじめご了承ください。

## Nextflowとは？

AWS、GCP、Azureなどのクラウド環境を使って、大きめのデータを処理するためのワークフロー言語です。

データ処理では、シェルスクリプトを使った作業が行われます。しかし、シェルスクリプトは、標準入力と標準出力が一つしかありません。だから、データの処理の流れが分岐する場合は、データをファイルに一時保存しながら処理を行う必要があります。また、シェルスクリプトは複数のコンピュータ、クラスタで実行することを想定していません。言い換えるとクラウド環境で動的に計算資源を立てて実行するような実行方法は想定されていません。ワークフロー言語は、動的にクラウド環境の計算資源を確保し、仮想環境を利用して任意のOS環境を用いて、複数の複雑な分岐を持つ処理工程を単一のソースコードで記述することを可能にします。また、Makefileのように、途中まで行った処理を続きから実行することも可能にします。

## Nextflow言語で再現性は高まるのか？

「再現性のあるワークフロー言語」という言葉は少なくとも２つの意味が

防災備蓄のシビックテックを助けるオープンソースとオープンデータ

シビックテックは市民ボランティアの活動です。

ここ数ヶ月、週末のプライベートの時間に防災シビックテックの活動として「みんなで備える防災備蓄マップ」という避難所の防災備蓄状況を登録・表示できるオープンソーステンプレートを開発していました。 [Tokyo OSS Party!!](https://tokyo-oss-party.com/) のイベントをきっかけに12月から3ヶ月、週末の時間で [Social Hack Day](https://hackday.code4japan.org/) に参加して地道にヒアリングと開発・改善を繰り返してきました。（活動の様子は[こちら](https://note.com/arumon_team/n/n228986f88be1)。）

本オープンソーステンプレートは Tokyo OSS Party!! の入賞作品として 東日本大震災11年目の 3.11 に寄せて[東京都の GitHub 公式アカウント](https://github.com/Tokyo-Metro-Gov)にフォークして頂けることになりました。大変光栄なことです、ありがとうございます

OSSで気持ちよくContributeしてもらうためのGitHub Actionsの設定

GitHub上のOSSにContributeする際はリポジトリをforkし、forkしたリポジトリにpushしたブランチで元リポジトリにPRを作成するという手順を踏みます。
この際、forkしたリポジトリを考慮したGitHub Actionsの設定になっていないと、権限不足等の問題でCIが落ち、Contributeの意欲を削ぐ結果になりかねません。
これを防ぐため、以下の表を参考に、forkしたリポジトリから元リポジトリへのPRやforkしたリポジトリでのPR (元リポジトリにPRを出す前の動作確認を想定) で実行してほしくないGitHub Actionsのjob・stepには適切な実行条件 ( `if` ) をつけてあげると良いでしょう。
なお、 `X` は条件の否定を表しています。

|動作させたい条件|`github.repository == github.event.pull_request.head.repo.full_name`|`github.repository == ‘元リポジトリ (org/repository)’`|
|:–:|:–:|:–:|
|fork

OSSがDocsに使ってるツール一覧

# OSSがDocsに使ってるツール一覧
とりあえず、よく見るところだけ書いた(適宜更新予定)

## [Hugo](https://gohugo.io/)

– https://kubernetes.io/
– https://istio.io/
– https://etcd.io/
– https://prometheus-operator.dev/
– https://www.kubeflow.org/
– https://skaffold.dev/
– https://github.com/kiali/kiali.io
– https://thanos.io/
– https://keda.sh/
– https://vitess.io/
– https://tekton.dev/

## [Material for MkDocs](https://squidfunk.github.io/mkdocs-material/)

– https://kserve.github.io/
– https://knative.dev/docs/
– https://argo-cd.re

学生エンジニアのためのチャットサービスをNext.js + TypeScript + AtomicDesign + Firebase9 + Dockerで作った

# はじめに
※今回の開発は、[株式会社OwN様](https://own-auth.io/)からいただいた技術課題の一環で行ったものになります。

## 自己紹介
兼業で個人サービスの開発・運営・保守を行っております。
フロントエンジニアのふぁると申します。
統合テストのクラウド管理・実行プラットフォーム「Itamaster」を運営しております。
よろしくお願いいたします。

【Twitterリンク】
[itamaster](https://twitter.com/@itamaster_)

【Itamaster公開記事リンク】
https://qiita.com/Itamaster/items/f821be4c33caab640a93

【Itamaster】
https://itamaster.work

テスト管理プラットフォーム　Itamaster 元記事を表示 初めてのOSSコントリビューションの選び方 # 対象となる読者 – OSSのコントリビュートって何から始めればいいのかわからない – OSSのコントリビュート先の選び方がわからない – そもそもOSSのコントリビュートの手順がわからない # たった5分でOSSコントリビュータになれる「First Contributions」  https://firstcontributions.github.io 文字通り、OSSのコントリビューションデビューをする人のために用意されているリポジトリです。 著者も初めてのコントリビューションを、「First Contributions」でやってみましたが、本当に5分程度で完了しました。 # 手順 日本語で手順が載っています。 https://github.com/firstcontributions/ 元記事を表示 Elmerを使ったパラメトリック解析（FORTRANサブルーチン自作編） 前回の記事「Elmerを使ったパラメトリック解析」は[こちら](https://qiita.com/maimai310/items/702413677a834230bb28) # 異方性材料の物性値設定 伝熱解析、構造解析、電磁界解析など、Elmerのモジュールの中には異方性材料をサポートしているものがあります。今回は伝熱解析で異方性の物性値を与える例で、パラメトリック解析を行いたいと思います。具体的にはFORTRANのプログラムで熱伝導率テンソルの主軸を回転させて、材料内で熱の通りやすい方向を色々変えてみるというものです。 今回のモデルはL字型の部品を考えます。ジオメトリは前回の記事のようにチュートリアルのものを使用できればよかったのですが、境界の設定が少々面倒だったため、Salomeを使ってUNVファイルで作成した以下のようなモデルを用いました。Elmerが対応しているメッシュ、ジオメトリファイル形式で作成できれば何でも大丈夫です。 のカタカナ読みまとめてみました ## はじめに 皆さんは、IT用語の読み方を間違えて恥ずかしい思いをしたことはありますでしょうか？ 私はあります。 特にOSSで初見じゃ分からないライブラリの名前とか結構ありますよね。（`nginx`とか最初どうやって読むんだよって思いました・・・） そんな時に”XXX 読み方”とかでググるのも何だかめんどくさいと思うので、まとめてみました。 ## 検索方法 下記で`markdown` + `mkdocs` + `Github Pages`で作成しました。 https://doara-developer.github.io/pronunciation-dict/ 右上の検索ボックスから用語を入力すると 読み方が表示されます。 「DENSO Advent Calendar 2020」を読む(後半) DENSO Advent Calendar 2020 https://qiita.com/advent-calendar/2020/denso 全記事、全タグを拝読し、自分に何ができるかを考えるきっかけにします。 12/1から12/12 までの購読記録 DENSO Advent Calendar 2020」を読む(前半) https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/9c88917a018157a86cc3 # 思いついたこと ### 自分がfollowしているタグ 記事を読んで、勉強になるもので自分以外の記事を１つ抜き書き。 嘘。一つだけ、自分の記事を抜き書き。 ### 自分がfollowしていないタグ follow。記事を読んで、勉強になるものを１つ抜き書き。 ### タグがあまりついていない記事 お勧めのタグを編集リクエストする。 ### そのタグに記事がない そのタグの記事を書いてみる。 ### それタグにする意味があるか？ よく考えて、記事がかければ、一つ上に分類。 記事がかけなければ、そっとしておく。 # 12 元記事を表示 Elmerを使ったパラメトリック解析 # Elmerについて ElmerはフィンランドのCSCが中心となって開発しているFEM解析ソフトウェアです。豊富なモデル（31種類、2022/02/12現在）があり簡単な記述で解析設定を行えますが、最大の特徴はオープンソースであることです。GUIも比較的使いやすく、基本的な解析はGUIのみでも実行可能です。また、開発も活発に行われており、新しいモジュールが次々と出てきています。 ダウンロードページ（Linux版、Windows版） https://www.csc.fi/web/elmer/binaries 以降はWindows版のElmer 8.4を使っていますが、基本的な使い方はLinux版でも同じはずです。 一方で、ジオメトリやメッシュを作成するプリプロセッサは含まれておらず、外部から持ってくる必要があります。Elmerで扱うメッシュ形式はElmer独自のものですが、ANSYSやCOMSOL、Abaqusといった商用ソフトで作ったメッシュや、UNVファイル、Gmshなどで作成したメッシュを変換するElmerGridというソフトウェアも付属しています。 ElmerGrid 元記事を表示 「DENSO Advent Calendar 2020」を読む(前半) DENSO Advent Calendar 2020 https://qiita.com/advent-calendar/2020/denso 別記事を書くために検索したら、出て来た。 「ひとつも読んでないじゃん」ってなった。 12/1 見たら、すでにLGTMがついている。ひとつも読んでないっていうのは嘘だった。 12/2 あれ、これもLGTMついている。 12/3 あれれ、これもLGTMついている。 ひょうっとして全部読んだことあるかも。 いえ、１２日までで一つだけLGTMがついていないのがありました。 全部読んだわけではなかった。 なんで忘れたかは、読んだという記録を書かなかったからかも。 いや、読んだ記録をつけたものも、半分以上は忘れている。 他人に覚えてもらって自分は忘れるために記事書いてたんだったってことも忘れてた。 人間が計算機に勝てる３つのこと。統計と確率(26) https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/49dc709d289d22846044 今回は、タグを全部followして、それぞれのタグから、関連しそうな一つ 元記事を表示 [超主観] OSSライセンスを理解するのに役立つ情報リンク集 # これはなに？ OSSライセンスの相談を受けていると「どこの説明読んでそんな間違った解釈になっちゃったの？」と言いたくなるようなことが ~~たまに~~ ちょくちょくあります。 そこで、OSSライセンスを自分で読んだり理解したり、人に説明したりする際に **私が個人的に参照している＆信用している** 情報ソースをまとめてみました。 信用に足る情報を集めたつもりですが、すべてが一言一句完璧に正しい記述だとは限りませんのでご注意ください。 また、各記述に誤りがあったとしてもリンク先に苦情等を送ったりされませんようお願いします。 なお、ライセンスの原文や日本語参考訳、ライセンスの作成元が作ったFAQなどの不変的なものを中心に集めており、第三者が作ったものは比較的新しいもののみ掲載しています。（IPAやSofticの古いレポートは割愛） # OSSライセンスを理解するのに役立つ情報リンク集 ## 原文と日本語参考訳（など） まずは原文か最低でも日本語参考訳を読まないと話にならない。なぜならこのあと紹介するFAQなどは原文の理解を助けるためのものだから。原文はOSSのパッケージに同梱されて 元記事を表示 The Big Fix「脆弱性を修正すると、限定Tシャツが全員に当たります」 こんにちは。デベロッパーファーストのセキュリティプラットフォーム Snyk (スニーク) でソリューションエンジニアをしている @ToshiAizawa です！ #The Big Fix Snyk では2月25日まで、The Big Fix (ザ・ビッグフィックス) というイベントをやっています。The Big Fix とは「みんなでアプリケーションの脆弱性を修正して、インターネットをもっと安全にしよう」という主旨のイベント。 オープンソースプロジェクトや、個人・会社のコードの中に隠れている脆弱性を見つけて、修正する。それを世界中の開発者、運用担当者、セキュリティ担当者と、いっしょにやりませんか？ 最終日の2月25日 (金) には、24時間のライブストリーミングイベントを予定しています (日本時間 午前9時から翌日午前9時まで)。また、The Big Fix に「参加」いただいた方には、The Big Fix のイベント T シャツをプレゼント。 :::note info The Big Fix イベントは終了しました。ですが、以下の説明 (1. [Snyk にサインアップ] 元記事を表示 ビッグフィックス登場 コードプロジェクトが脆弱性を特定し、修正するのを手伝うと、Tシャツがもらえるほか、他の賞品に応募することができます。多くの人が参加し、貢献しています。 https://snyk.io/events/the-big-fix/ 元記事を表示 初めてOSS(Hasura)にコントリビュートしたのでまとめた ## はじめに 最近、OSS([hasura/graphql-engine](https://github.com/hasura/graphql-engine))にコントリビュートしました。 本記事は、業務で遭遇したOSSのバグに遭遇してから、IssueとPull requestでのバグ報告・修正するまでの経緯を簡単にまとめています。 今まで自分は、OSSへのコントリビュートは難易度が高いと思っていました。しかし、いざやってみると思ったより敷居が低く、経験値も多く得ることができました。 > OSSコントリビュートしてみたいけど、今一歩踏み出すことができない といった方の参考になればという考えのもと、記事にしました。拙い文章ではありますが、参考になれば幸いです。 ### 対象読者 :::note ・OSS活動をしてみたいが、どうやってやればいいかわからない方 ・Hasuraにコントリビュートしてみたい方 ::: ### コントリビュート内容 立てたIssue・Pull Requestは以下です。 https://github.com/hasura/graphql-engi 元記事を表示 ライブストリームで、#thebigfixの詳細をご覧ください。 ライブストリームは本日、午後2時から視聴できます。 元記事を表示 Rubyのgemのコードリーディングをする時の備忘録 rubyのgemのコードリーディングをする時によく利用したことを　備忘録としてメモ。 （随時更新する。） ※rubyのバージョンは3.1.0 ## gemのファイルの場所を知りたい時 `$LOAD_PATH.grep(/serach_word/)`で検索できる。 例）devise関連のgemの場所を知りたい場合 “` rails c irb(main):010:0> $LOAD_PATH.grep(/devise/) => [“YOUR_PATH/.rbenv/versions/3.1.0/lib/ruby/gems/3.1.0/gems/devise-4.8.1/lib”, “YOUR_PATH/.rbenv/versions/3.1.0/lib/ruby/gems/3.1.0/gems/devise-4.8.1/app/controllers”, “YOUR_PATH/.rbenv/versions/3.1.0/lib/ruby/gems/3.1.0/gems/devise-4.8.1/app/helpers”, “YOUR_PATH/.rbenv/versio 元記事を表示 テック企業が情報を公開する理由 情報公開を進める企業多いですよね、ということでその理由などのまとめ ## 何かと参考になる海外企業 [リモートワークのいま学びたい、GitLab Handbookと徹底した文書化への狂気 – Qiita](https://qiita.com/e99h2121/items/ea5822922d83d00ebc4a) [リモートワークのいま学びたい、GitLab Handbook非同期コミュニケーションのススメ – Qiita](https://qiita.com/e99h2121/items/bd56ff759217fc8ec119) [Slack社はSlackをどう使っているのか – Slack利用ガイドラインの話 – Qiita](https://qiita.com/e99h2121/items/71f607a0b46de5013730) [No Brilliant Jerks – Netflixの「頭はいいけど嫌な奴、お断り」について調べた – Qiita](https://qiita.com/e99h2121/items/e0741f3dbf351942f3ca) [優れた 元記事を表示 Gitコマンド＆ノウハウ＜中級編＞ #導入〜ご挨拶〜 こんにちは、ハルです 私事ですが先日、Git（Github)を学び直しました。 その際、メモとして書いたものを連携しようと思います。 ※あくまで本人視点で記述しているので大衆向けではないです。 因みに、コメント（所感）も添えました。 復習、もしくは興味本位（こんなこともできるんだ）で見てもらえたら恐縮です。 #1.Git_コマンド編 ##1.1. ワークツリーの変更を取り消す “` #ワークツリーのファイル変更を取り消す git checkout — <ファイル名> #ローカルリポジトリのディレクトリ変更を取り消す git checkout — <ディレクトリ名> #全てのワークツリーの変更を取り消す #git checkout — . “` 【コメント】 ワークツリーでの作業は上記のコマンで取り消せます。 「コードを修正・変更したけど、上手くいかない。一旦、仕切り直ししたい！」って方にはピッタリですね。 ただし、一旦「add」してしまった場合は上記のやり方では取り消せません！ 上記のコマンドは「ステージ領域にあるデータを取得し 元記事を表示 Firebase CLIとかの出力が2022-01-10の一時期に乱れてた件 ※Firebase CLI については更新されたので `npm update` すればもう大丈夫です ※npm 側で対応して該当バージョンが削除されました。よって我々側の作業不要です。 ## どうした `firebase-tools` とかの出力がおかしい。 Firebase CLIがこわれた…… pic.twitter.com/APtT9v3hEO — 高梨ギンペイ (@ginpei_jp) January 9, 2022 ## どうして 依存の依存の（中略）依存である `colors` に変なリリースがあった。作者故意のものなのでそこの更新は期待できなさそう。 – `v1.4.2`, `v1.4.1` ← 問題あり – `v1.4.0` ← 大丈夫 https://www.npmjs.com/package/colors ## どうする ※既に npm 側で対応されたので、現在は作業不要です。 ### 直接利用している場合 過去のバージョンで固定すれば大丈夫。 “`console $ npm install colors@1.4.0 “` ### 依存の依存の場合 基本的には対象パッケージの更新待ちです 元記事を表示 の天気 --℃ / --℃ --℃ / --℃ --℃ / --℃ OTHERカテゴリの最新記事 2023.09.28 オープンソース調べOSS　2023年09月28日 2023.09.28 iOS関連のことを調べてみた2023年09月28日 2023.09.28 Python関連のことを調べてみた2023年09月28日 2023.09.28 Ruby関連のことを調べてみた2023年09月28日 2023.09.28 Rails関連のことを調べてみた2023年09月28日 2023.09.28 Python3関連のことを調べてみた2023年09月28日